ScanSnap Managerの設定で「カラーモードの選択」が「カラー高圧縮」になっている場合、「カラー」に変更し、読み取りを行ってください。
「カラー高圧縮」の設定で絵柄の入った原稿を読み取ると、本現象が発生することがあります。