ページ数の指定をしていませんか?
PaperStream IP (ISISTM)で、「マルチイメージ」や「上下分割」を選択した場合、アプリケーションで、原稿 1枚から出力されるページ数よりも少ないページ数を指定すると、正常に動作しないことがあります。
この場合は、アプリケーションでページ数を指定しないか、出力されるページ数より多いページ数を指定してください。