「MacのFnキー」と「HHKBのFnキー」は異なるキーであるため、使用できません。
「HHKBのFnキー」は、HHKBのキートップ前面に印刷されている操作（F1～F12、PgUp（Page Up）、Caps、矢印（カーソル）など）を行うためのキーです。

なお、「MacのFnキー」を使用した一部のショートカットは、HHKBのキーマップ変更ツールで割り当てることで使用できるものがございます。
（ご参考）FAQ：Macで画面の明るさ調整ができますか？
https://faq.pfu.jp/faq/show/2694?site_domain=hhkb