ScanSnapは、TWAINドライバーやISISドライバーに対応していません。
ScanSnapを使用するには、専用ドライバーのScanSnap Home、もしくはScanSnap Managerのインストールが必要です。
TWAINドライバーやISISドライバー対応のアプリケーションでは、スキャナー一覧にScanSnapは表示されず連携できません。
ScanSnapでスキャン後、一旦コンピューターのデスクトップ等にイメージデータを保存し、アプリケーションに取り込んでください。