キー入力中にHHKBの設定モードが変わった可能性があります。
入力操作中に以下のキー操作を行ったかをご確認下さい。
1)Fn + Control + W
2)Fn + Control + M
1)はWinモードへの切り替え、2)はMacモードへの切り替えとなります。
Conrol+ Fn + WやControl+ Fn + Mを押す際にFnキーを最初に押してしまうと設定モードが切り替わるためご注意をお願いします。
HHKBはWinモード、Macモードの切り替え機能を持ち、内部のキーマップ情報もそれぞれ独立して持っています。
キー操作を誤ってWin/Macモードの切り替えを行ってしまった場合、キーマップ情報も切り替わってしまうため、キーマップ設定が初期化されたように見えます。
また、Dipスイッチ設定も、Winモード、Macモードそれぞれで独立して記憶するため設定モードの変更により切り替わります。
DipスイッチでWin/Macモードいずれかに切り替え、電源をOn/Offして設定を記憶させることで、本現象を回避できます。