ScanSnapでは縦書きの認識処理(*)をしていますが、macOS標準のプレビュー.appやSafari.appの仕様により、縦書きテキストとして認識されません。
 

Adobe Acrobat Reader DCでPDFファイルを開くと、文字列が縦書きテキストで認識されます。
 

(*)ScanSnapの設定で「検索可能なPDFにします」をONに設定