ScanSnap Cloud経由でスキャンした場合、MFクラウド（マネーフォワードクラウド）にはスキャンデータが自動保存されない仕様です。

スキャンデータは、2週間以内にMFクラウド側で「ScanSnapと同期」する必要があります。
2週間経過するとスキャンデータがScanSnap Cloudサーバーから削除されます。

※詳細に関しては、マネーフォワード クラウドサポートをご確認ください。