FTP / SharePoint®連携は、第1の画像のイメージファイルのみアップロードされますが、インデックス情報は第2、第3の画像の内容も格納されます。
このため、全ての画像の出力先が同じ場合、一つのインデックス情報に全ての画像の情報が追記で格納されます。

マルチイメージを使用する場合は、第1の画像と第2、第3の画像のローカルフォルダへの出力先を分けて設定してください。