ブック補正/ポイントレタッチを行うとテキスト認識はキャンセルされる仕様です。
ブック補正/ポイントレタッチを行なった後で、再度テキスト認識を行ってください。

ScanSnap Homeの場合
テキスト認識したいファイルを選択して、右クリックで開いた画面より、「検索可能なコンテンツに変換」をクリックすることでテキスト認識が行われます。

ScanSnap Organizerの場合
テキスト認識したいファイルを選択して、右クリックで開いた画面より、「検索可能なPDFに変換」をクリックすることでテキスト認識が行われます。