ブック補正/ポイントレタッチを行うとテキスト認識はキャンセルされる仕様です。
ブック補正/ポイントレタッチを行なった後で、再度テキスト認識を行ってください。
※テキスト認識の方法は、ScanSnapヘルプをご参照ください。