お使いのQRコードがUTF-8エンコードで作成されたQRコードの可能性が考えられます。

以下をお試しください。

1. PaperStream Captureを起動します。
2. メニュー より[プロファイル設定]を選択します。
3. プロファイル一覧より、編集するプロファイルのアイコンにマウスオーバーし、
   [編集]アイコンを選択します。
   
4. [2. スキャン]タブの[UTF-8のQRコードを使用する]チェックボックスをチェックし「保存」ボタンより保存します。
    
5. 変更したプロファイルでスキャンを行いQRコードが正しく認識できるか確認します。

　ヒント！

　　上記の設定はPaperStream Capture v3以降にてご利用いただけます。