macOSは、ScanSnapと接続するためのパスワードをキーチェーンに保存しております。

ScanSnap Manager起動時にキーチェーンへアクセスして情報を参照するため、表示されます。
[常に許可]をクリックしていただくことで、以降このメッセージは表示されなくなります。