以下の原因が考えられます。
給紙面を確認し、文字の薄い原稿の場合は、「ツール」 - 「オプション」 - 「スキャン設定」 で 「白紙ページを自動的に削除する」のチェックを外して、再度スキャンしてください。
※iX500の場合は表面を下に、iX100の場合は表面を上にして読み込ませてください。