なんらかの原因で、ログイン項目からアプリケーションが消えてしまったものと思われます。
以下の手順で、ScanSnap Managerをログイン項目へ追加してください。
1.アップルメニューから「システム環境設定」を選択します。
2.「ユーザーとグループ」を選択します。
3.「現在のユーザー名」を選択します。
4.「ログイン項目」ボタンをクリックします。
5.[ + ]ボタンをクリックします。
6.「アプリケーション」フォルダ内の「ScanSnap」 → 「ScanSnap Manager」を選択し追加します。
※ScanSnap Evernote Editionの場合は以下の手順となります。
1.~5. ScanSnap Managerと同一手順です。
6.「アプリケーション」フォルダ内の「ScanSnap Evernote Edition」 → 「ScanSnap Manager Evernote Edition」を選択し、追加してください。