ScanSnap Managerの設定において、[読み取りモード]タブにある[オプション]で以下をお試しください。

SV600の場合には、、[読み取りモード]タブにある[オプション]画面の「画質」タブをクリックしてください。

「白黒」読み取り時
「白黒読み取りの濃度」スライドバーで11段階の調整が可能です。
読み取り結果は、中央を標準として、スライドバーのつまみを左に移動するとより薄く、右に移動するとより濃くなります。

「カラー／グレースケール」読み取り時
「文字をくっきりします」にチェックを付けて読み取ってみてください。
（チェックを付けると、イメージデータの明暗を強調します）

【ご参考：設定画面】（Windows®）