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「ScanSnap Manager - 補正ビューア」画面で補正できます。
本を読み取ったあとに表示される画面で、「本や雑誌などの見開き原稿を、歪みの補正をして保存します」を選択して、[イメージを確認/修正する]ボタンをクリックします。
「ScanSnap Manager - 補正ビューア」画面が表示されますので、「保存イメージ」で、写り込んだ指を塗りつぶすページを選択して補正してください。
詳しくは、ScanSnap活用ガイドの「イメージデータの修正(SV600)」の「本を読み取った場合」から「写りこんだ指を塗りつぶす」の項をご参照ください。