OS X v10.9 (Mavericks) の App Nap機能によって、ScanSnap Managerの処理速度が低下することで、ScanSnapとの通信間隔が開き、スキャンボタンが押されたことを検知できなくなる場合があります。
以下の手順で、ScanSnap Managerに設定されている App Nap機能を無効にしてください。