お使いのQRコードがUTF-8エンコードで作成されている可能性が考えられます。
以下をお試しください。

設定手順 (PaperStream Capture V4 以降の場合)

1. PaperStream Captureを起動します。
2. 画面右上の「ジョブ作成/編集」をクリックします。
   
3. 編集するジョブをダブルクリックします。
4. オプション「データ抽出設定」を開き、「バーコードの設定」をクリックします。
   
5. 「UTF-8のQRコードを使用する」にチェックを入れて「OK」をクリックします。
   
6. 「保存」ボタンをクリックしてジョブを保存します。
7. 変更したジョブでスキャンを行いQRコードが正しく認識できるか確認します。

設定手順 (PaperStream Capture V3 の場合)

1. PaperStream Captureを起動します。
2. メニュー より[プロファイル設定]を選択します。
3. プロファイル一覧より、編集するプロファイルのアイコンにマウスオーバーし、
   [編集]アイコンを選択します。 
   
4. [2. スキャン]タブの[UTF-8のQRコードを使用する]チェックボックスをチェックし「保存」ボタンより保存します。
   
5. 変更したプロファイルでスキャンを行いQRコードが正しく認識できるか確認します。

ヒント！

• 上記の設定は PaperStream Capture V3以降でご利用いただけます。